Haapsalun matalan lahden vuoksi alue on kesäisin lämpimämpi kuin muut Viron rannikkoalueet. Meriveden keskilämpötila on kesäisin +21 astetta.
Koska Haapsalun ilmankosteus on korkeampi kuin sisämaassa, kaupunkia pidetään Viron aurinkoisimpana kylpyläpaikkakuntana.
