Läänemaan maakuntamuseo
Läänemaan maakuntamuseo sijaitsee entisellä kaupungintalolla Lossiplatsin torilla. Museon pysyvä näyttely ja vaihtuvat erikoisnäyttelyt esittelevät kattavasti Läänemaan historiaa.
Piispanlinnoituksen museo ja kellotorni
Haapsalun piispanlinnoituksen luostari on ollut piispojen ja muiden kirkonmiesten asuinsija jo 1200-luvulta lähtien. Museo on kesäisin auki joka päivä ja talvisin ennakkovarauksen mukaan. Piispanlinnoituksen vallihaudassa on kesäisin auki myös jousiammuntarata!
Viron rautatiemuseo
Viron rautatiemuseo sijaitsee vuosina 1905-06 rakennetun Haapsalun historiallisen rautatieaseman alueella ja tiloissa. Vierailijat ihastuvat yli 200-metriseen päällystettyyn laituriin ja keisarilliseen asuintilaan, joista henkii entisajan ylellinen tunnelma. Nykyaikaisen tuulahduksen rautatiemuseoon tuovat kolme rautateihin liittyvää erikoisuutta, jotka toistavat samaa äänimaailmaa. Asemarakennuksen lisäksi myös pesutilat, matkatavaroiden säilytystila, vesitorni, varikkoalue, rautatietyöläisten asuinhuoneet, sairastupa, höyrykoneiden vesihana ja kääntösilta on kunnostettu entiseen loistoonsa. Kaikki museoon kuuluvat nähtävyydet ovat myös suojelukohteita.
Vironruotsalaisten museo
Museo perustettiin mannermaan länsiosiin ja saarille asettuneiden vironruotsalaisten kulttuurin säilyttämiseksi ja edistämiseksi. Museossa voi seurata esimerkiksi perinteistä vironruotsalaista veneenrakennusta. Museon kirjastossa on todennäköisesti koko maan kattavin kokoelma vironruotsalaiseen kulttuuriin liittyvää materiaalia. Jatkuva yhteistyö yliopistojen kanssa on tuottanut museolle uusimmat tutkimukset vironruotsalaisten elämästä, elinolosuhteista ja historiasta. Museon tavoitteena on toimia elinvoimaisena kulttuurikeskuksena, jossa vierailijoille tarjotaan mielenkiintoisia elämyksiä näyttelyistä ja veneretkistä konferenssitapahtumiin.
Evald Okasen museo
Evald Okasen yksityismuseo avattiin yleisölle vuonna 2003. Museon tavoitteena on kerätä, säilyttää ja esitellä Evald Okasen ja hänen perheensä taidetta. Museo järjestää kesäisin taidenäyttelyitä, joissa esitellään sekä Evald Okasen ja hänen perheenjäsentensä että myös muiden taiteilijoiden töitä. Museo on auki vain kesäkaudella.
Matkailijan kannattaa vierailla myös Haapsalun huivimuseossa, tietoliikennemuseossa,Cyrillus Kreekin huoneistomuseossa sekä Ants Laikmaan kotimuseossa. Museoiden aukioloajat ja hinnat löytyvät Haapsalun kaupungin kotisivuilta.
Haapsalussa on myös lukuisia muita taidegallerioita, joissa kannattaa vierailla. Tunnetuimpia kohteita ovat esimerkiksi Epp Maria Kokamäen galleria, Haapsalun kaupungingalleriaja Kuken galleria